GROMACS Benchmark ~ 分子動力学シミュレーション 性能評価 ~

分子動力学シミュレーション GROMACS 公式ページで紹介されているベンチマークテスト ADH_bench_systems の adh_cubic を実施した結果を御紹介します。adh_cubic は、134,177原子のベンチマークです。​表中の「ns/day」の値が大きいほど、パフォーマンスが高いことを示します。最新 GPU を搭載したベンチマーク結果も随時掲載します。

ベンチマークデータは、以下のURLからダウンロード可能です。

https://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/

ADH_bench_systems　adh_cubic　pme_verlet.mdp

specification nodes procs threads GPUs ns/day
[GPUあり構成/2024-01]
Machine : HPC-ProServer DPrT7960
CPU:(1) Intel Xeon w9-3495X 1.9-4.8G, 56C/112T
Mem : 256GB (8) 32GB RDIMM, 4800MT/s
OS : Ubuntu 22.04
GPU : (2) NVIDIA RTX 6000 Ada
CUDA : 12.3, Driver : 545.23.08
Gromacs 2023.3 (build from source)
Compiler : gcc 11.4.0
SIMD_Option : AVX_512		 1 4 32 2 293.95
1 8 32 2 265.34
1 16 32 2 115.14
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2023-12]
Machine : HPC-ProServer DPeR760
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6426Y 2.5G, 16C/32T
Mem : 256GB (8) 32GB RDIMM, 4800MT/s
OS : RockyLinux 8.8
GPU : (2) NVIDIA RTX A6000
CUDA : 12.3, Driver : 545.23.08
Gromacs 2023.3 (build from source)
Compiler : gcc 11.4.0
SIMD_Option : AVX_512		 1 4 4 2 143.80
1 4 8 2 203.52
1 4 16 2 216.59
1 8 8 2 170.93
1 8 16 2 131.42
1 8 32 2 134.67
1 16 16 2 209.18
1 16 32 2 211.27
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2023-09]
Machine : HPC-ProServer DPrT5860
CPU:(1) Intel Xeon w5-2445 3.10G 10T/20T
Mem : 128GB (2) 64GB DDR5
OS : Ubuntu 22.04.03
GPU : (1) NVIDIA RTX A6000
CUDA : 12.2, Driver : 535.104.05
Gromacs 2023.2 (build from source)
Compiler : gcc 11.4.0
SIMD_Option : AVX_512		 1 2 2 1 103.29
1 2 4 1 127.89
1 2 8 1 140.03
1 4 4 1 145.56
1 4 8 1 126.07
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2023-05]
Machine : HPC-ProServer DPeR7920
CPU:(2) Intel Xeon Silver 4210R 2.40G 8T/16T
Mem : 32GB (2) 16GB DDR4
OS : RockyLinux 8.7
GPU : (1) NVIDIA GeForce RTX 4080
CUDA : 12.1, Driver : 530.30.02
Gromacs 2023.1 (build from source)
Compiler : gcc 12.1.1
SIMD_Option : AVX2_256		 1 2 2 1 63.64
1 2 4 1 82.88
1 2 8 1 94.22
1 4 4 1 112.25
1 4 8 1 128.28
1 8 8 1 127.05
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
【GPUあり構成/2023-05】
HPC-ProServer DPeR7525
CPU : (2) AMD EPYC 7713 2.0GHz 64C/128T
Mem : 1024GB (32) 32GB ECC DDR4 3200MHz
OS : RockyLinux 8.7
GPU : (1) NVIDIA GeForce RTX 4090
GROMACS 2023.1 (build from source)
Compiler : gcc 12.1.1 (gcc-toolset-12)
NVIDIA Driver : 530.30.02
CUDA : 12.1		 1 2 4 1 93.42
1 2 8 1 99.46
1 2 16 1 119.90
1 2 32 1 112.85
1 2 64 1 72.82
1 2 128 1 41.92
1 4 8 1 120.61
1 4 16 1 121.35
1 4 32 1 141.03
1 4 64 1 127.78
1 4 128 1 92.76
1 8 16 1 116.21
1 8 32 1 163.33
1 8 64 1 158.95
1 8 128 1 122.39
1 16 32 1 112.55
1 16 64 1 122.77
1 16 128 1 86.08
【GPUあり構成/2023-04】
HPC-ProServer DPeR7525
CPU : (2) AMD EPYC 7713 2.0GHz 64C/128T
Mem : 512GB (16) 32GB ECC DDR4 3200MHz
OS : RockyLinux 8.7
GPU : (2) NVIDIA RTX A6000
GROMACS 2023 (build from source)
Compiler : gcc 8.5.0
NVIDIA Driver : 525.85.12
CUDA : 12.0		 1 2 4 2 69.34
1 2 8 2 74.14
1 2 16 2 77.61
1 2 32 2 76.79
1 2 64 2 76.08
1 2 128 2 50.37
1 4 8 2 55.66
1 4 16 2 63.09
1 4 32 2 47.91
1 4 64 2 66.61
1 4 128 2 95.61
1 8 16 2 113.72
1 8 32 2 130.02
1 8 64 2 150.13
1 8 128 2 201.13
1 16 32 2 93.95
1 16 64 2 128.36
1 16 128 2 123.04
【GPUなし構成/2023-04】
HPC-ProServer DPeR7525
CPU : (2) AMD EPYC 7713 2.0GHz 64C/128T
Mem : 512GB (16) 32GB ECC DDR4 3200MHz
OS : RockyLinux 8.7
GPU : なし
GROMACS 2023 (build from source)
Compiler : gcc 8.5.0
 1 2 4 0 7.91
1 2 8 0 13.91
1 2 16 0 25.09
1 2 32 0 34.26
1 2 64 0 32.94
1 2 128 0 23.92
1 4 8 0 14.43
1 4 16 0 27.02
1 4 32 0 47.01
1 4 64 0 48.08
1 4 128 0 36.64
1 8 16 0 27.31
1 8 32 0 47.91
1 8 64 0 65.64
1 8 128 0 47.01
1 16 32 0 48.41
1 16 64 0 65.77
1 16 128 0 60.85
1 32 64 0 57.87
1 32 128 0 54.24
1 64 128 0 59.4
1 128 128 0 54.69
【GPUあり構成/2023-03】
HPC-ProServer DPeR750
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6326 2.90GHz 16C/32T
Mem : 256GB (16) 16GB DDR4 3200MHz
OS : RockyLinux 8.7
GPU : (2) NVIDIA RTX A6000
CUDA12.1 Driver: 530.30.02
Gromacs 2023 (build from source)		 1 16 32 2 209.13
1 8 32 2 227.45
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2023-02]
Machine : HPC-ProServer DPrT7865
CPU:(1) AMD Ryzen Threadripper PRO 5995WX
256 MB cache, 64C/128T, 2.7GHz‐4.5GHz
Mem : 256GB (8) 32GB DDR4 3200MHz
OS : Ubuntu 22.04 5.15.0-58-generic
GPU : (2) NVIDIA RTX A4000
CUDA : 12,0, Driver : 525.85.12
Gromacs 2022.3 (NGC Docker)
SIMD_Option : AVX2_256		 1 8 64 2 121.32
1 16 64 2 179.75
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2023-01]
Machine : HPC-ProServer DPeR7920
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6240R 2.4GHz 24C/48T
Mem : 192GB (12) 16GB DDR4
OS : CentOS 7.9.2009 3.10.0-1160.80.1.el7.x86_64
GPU : (2) NVIDIA RTX A6000
CUDA : 12,0, Driver : 525.60.13
Gromacs 2022.3 (NGC Docker)
SIMD_Option : AVX2_256		 1 2 48 2 96.96
1 4 48 2 91.62
1 8 48 2 91.93
1 12 48 2 149.18
1 16 48 2 151.21
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2022-09]
Machine : HPC-ProServer DPeR7920
CPU:(2) Intel Xeon Silver 4110 2.10G 8T/16T
Mem : 256GB (16) 16GB DDR4
OS : RockyLinux 8.6
GPU : (2) NVIDIA RTX A4000
CUDA : 11.7, Driver : 515.65.01
Gromacs 2022.2 (build from source)
Compiler : gcc 8.5.0 , MPI : Intel MPI 2021.6
SIMD_Option : AVX2_256		 1 2 16 2 79.41
1 4 16 2 81.89
1 8 16 2 125.98
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2022-02]
Machine:HPC-ProServer DPeR750XA
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6326 2.90G 16C/32T
Mem:512GB((16)32GB)
OS:Ubuntu 20.04
GPU:(4) NVIDIA A40
CUDA11.6 Driver: 510.47.03 NVLINK3
Gromacs 2021.3 (NGC Docker )
SIMD_Option : AVX2_256 		 1 8 32 1 115.49
1 8 32 2 122.93
1 8 32 4 227.08
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2022-01]
Machine:HPC-ProServer DPeR7920
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6240R 2.4GHz 24C/48T
Mem:384GB((12)32GB)
OS:RockyLinux8.5
GPU:(1) NVIDIA RTX A5000
CUDA11.6 Driver: 510.39.01
Gromacs 2021.3 (NGC Docker)
SIMD_Option : AVX2_256 		 1 8 32 1 86.93
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUなし構成/2021-09]
Machine:HPC-ProServer DPeR6525
CPU : (2) AMD EPYC 7543 2.8GHz/3.7GHz 32C/64T
Mem : 1024GB (16) 64GB RDIMM 3200 Mhz
OS : CentOS 7.9.2009 3.10.0-1160.21.1.el7.x86_64
Gromacs 2021.2
Compiler :AOCC 3.1.0
MPI : OpenMPI 4.1.1
SIMD_Option : AVX2_256 		 1 64 64 0 66.65
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2021-04]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6242 2.8G 16C/32T
Mem:192GB((12)16GB)
OS:CentOS 7.9
GPU:(2) Tesla V100S
CUDA11.2 Driver: 460.32.03
Gromacs 2020.4
Compiler : devtoolset-8 MPI : OpenMPI 4.0.5
SIMD_Option : AVX2_256 		 1 1 1 1 42.82
1 8 32 1 91.28
1 8 32 2 139.94
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　
　 　 　 　 　

ADH_bench_systems_old-allbonds　adh_cubic　pme_verlet.mdp

specification nodes procs threads GPUs Core t (s) Wall t (s) ns/day
[GPUあり構成/2021-04]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6242 2.8G 16C/32T
Mem:192GB((12)16GB)
OS:CentOS 7.9
GPU:(2) Tesla V100S
CUDA11.2 Driver: 460.32.03
Gromacs 2020.4
Compiler : devtoolset-8 MPI : OpenMPI 4.0.5
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 1 1 1 48.496 48.496 35.635
1 8 32 1 492.671 15.398 112.236
1 8 32 2 425.852 13.311 129.834
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2021-02]
Machine:HPC-ProServer DPeT640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6226R 2.9G 16C/32T
Mem:384GB((12)32GB)
OS:CentOS 7.9
GPU:(2) GeForce RTX 3090
CUDA11.2 Driver: 460.32.03
Gromacs 2021
Compiler : devtoolset-8 MPI : OpenMPI 4.1.0
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 1 1 1 46.221 46.221 37.389
1 1 2 2 64.979 32.49 53.191
1 1 4 2 92.326 23.082 74.872
1 1 8 2 151.924 18.991 91.001
1 1 16 2 279.133 17.446 99.058
1 2 32 2 397.011 12.409 139.273
　 　 　 　 　 　 　
【GPUなし構成/2020-12】
Machine:HPC-ProServer DPeR6525
CPU : (2) AMD EPYC 7402 2.8GHz/3.35GHz 24C/48T
Mem : 512GB (16) 32GB RDIMM 3200 Mhz
OS : CentOS 7.8.2003 Kernel 3.10.0-1127.18.2.el7.x86_64
Gromacs 2020.4 Compiler :gcc 8.3.1
MPI : OpenMPI 4.0.5 SIMD:AVX2_256 
 1 4 4 0 1024.538 256.135 6.747
1 8 8 0 1128.556 141.07 12.25
1 16 16 0 1238.864 77.429 22.319
1 32 32 0 1457.109 45.535 37.953
1 48 48 0 1470.604 30.638 56.406
　 　 　 　 　 　 　
【GPUなし構成/2019-12】
Machine:HPC-ProServer DPeR7515
CPU : (1) AMD EPYC 7702P 2.0GHz/3.4GHz 64C/128T
Mem : 256GB (8) 32GB RDIMM 3200 Mhz
OS : CentOS 7.7.1908 Kernel 3.10.0-1062.9.1.el7.x86_64
Gromacs 2019.4
Compiler :gcc 8.3.1
MPI : OpenMPI 4.0.2
 1 1 1 0 902.619 902.62 1.915
1 2 2 0 979.972 489.986 3.527
1 4 4 0 1072.638 268.16 6.445
1 8 8 0 1251.652 156.457 11.046
1 16 16 0 1459.192 91.2 18.949
1 32 32 0 1543.919 48.248 35.819
1 64 64 0 1984.912 31.015 55.721
[GPUあり構成/2019-09]
Machine:HPC-ProServer DPrT7920
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6242 2.8G 16C/32T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.6
GPU:(2) GeForce RTX 2080Ti
CUDA10.1 Driver: 418.87
Gromacs 2019.3
Compiler : devtoolset-7 MPI : OpenMPI 4.0.1
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 8 32 2 853.979 26.687 64.757
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2019-05]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.6G 16C/32T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.6
Network : InfiniBand FDR
GPU:(2) GeForce RTX 2080Ti
CUDA10.1 Driver: 418.56
Gromacs 2019.2
Compiler : devtoolset-7 MPI : OpenMPI 4.0.1
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 8 32 2 853.269 26.665 64.811
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2019-03]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.6G 16C/32T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.4
Network : InfiniBand FDR
GPU:(2) GeForce RTX 2080Ti
CUDA10.0 Driver: 410.48
Gromacs 2019
Compiler : devtoolset-7 MPI : OpenMPI 4.0.0
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 8 32 2 875.563 27.362 63.16
2 16 64 4 1495.73 23.371 73.945
4 32 128 8 2218.516 17.333 99.707
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-12]
Machine:HPC-ProServer DPeT640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.5
GPU:(4) GeForce GTX 1080Ti
CUDA10.0 Driver: 410.48
Gromacs 2019Beta
Compiler : devtoolset-7 MPI : OpenMPI 4.0.0
SIMD_Option : AVX2_256 
 1 4 24 4 715.105 29.797 57.999
1 24 24 4 718.434 29.935 57.73
1 12 24 4 809.215 33.718 51.254
1 8 24 4 792.226 33.01 52.353
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUなし構成/2018-11]
Machine:HPC-ProServer DPeR7425
CPU:(2) AMD EPYC 7601 2.2GHz/2.7GHz 32C/64T
Mem:1024GB (32) 32GB 2133 RDIMMs
OS:CentOS v7.5
GPU:なし
Gromacs:2018.3
Compiler :devtoolset-4 MPI : OpenMPI v4.0.0
SIMD_Option:AVX2_128
 1 4 8 0 2028.481 253.56 6.816
1 8 16 0 2269.613 141.851 12.183
1 16 32 0 2636.195 82.381 20.978
1 32 64 0 3415.126 53.361 32.386
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-10]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem : 96GB 2666MT/s DDR4
OS:CentOS7.4
GPU:(2) GeForce RTX 2080 CUDA10.0 Driver: 410.48
Gromacs:2018.3
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI 3.1.2
SIMD_Option:AVX2_256
 1 8 32 2 973.471 30.421 56.809
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-09]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem : 144GB 2666MT/s DDR4
OS:CentOS7.5
GPU:(2) TITAN V CUDA10.0 Driver: 410.48
Gromacs:2018.3
Compiler :devtoolset-4, Intel C/C++ v2018.2
MPI : Intel MPI v2018.2
SIMD_Option:AVX2_256
 1 8 32 2 883.384 27.606 62.602
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-09]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem : 144GB 2666MT/s DDR4
OS:CentOS7.5
GPU:(2) TITAN V CUDA10.0 Driver: 410.48
Gromacs:2018.3
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI:3.1.2
SIMD_Option:AVX2_256
 1 8 32 2 962.733 30.085 57.442
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-09]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS7.5
GPU:(2) TITAN V CUDA9.2 Driver: 396.44
Gromacs:2018.3
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI:3.1.2
SIMD_Option:AVX2_256
 1 6 24 2 778.072 32.42 53.306
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-08]
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2690 v4 2.60GHz 14C/28T
Mem:64GB((8)8GB), Network : InfiniBand FDR
OS:CentOS7.5
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA9.2 Driver: 396.37
Gromacs:2018.2
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI:3.1.2
SIMD_Option:AVX2_256
 1 6 24 2 786.996 32.792 52.702
2 12 48 4 1093.147 22.774 75.884
4 24 96 8 1892.254 19.711 87.676
8 48 192 16 3063.581 15.956 108.308
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-07]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB (12)16GB 2666 RDIMMs
Network : InfiniBand EDR
OS:CentOS v7.4
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA9.2 Driver: 396.37
Gromacs:2018.2
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI 3.0.0
SIMD_Option:AVX_512
 1 8 32 2 1106.985 34.593 49.957
2 16 64 4 1602.765 25.043 69.008
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-03]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB (12)16GB 2666 RDIMMs
Network : InfiniBand EDR
OS:CentOS v7.4
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA9.1 Driver: 387.26
Gromacs:2018
Compiler :devtoolset-4, Intel Compiler v2017.4
MPI : OpenMPI 3.0.0
SIMD_Option:AVX_512
 1 4 8 2 478.784 59.848 28.876
1 8 16 2 682.274 42.642 40.527
1 16 32 2 921.121 28.785 60.037
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2018-03]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB (12)16GB 2666 RDIMMs
Network : InfiniBand EDR
OS:CentOS v7.4
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA9.1 Driver: 387.26
Gromacs:2018
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI 3.0.0
SIMD_Option:AVX_512
 1 4 8 2 555.866 69.483 24.872
1 8 16 2 770.893 48.181 35.868
1 16 32 2 1047.457 32.733 52.796
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUなし構成/2018-03]
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB (12)16GB 2666 RDIMMs
Network : InfiniBand EDR
OS:CentOS v7.4
Gromacs:2018
Compiler :devtoolset-4, Intel Compiler v2018.1
MPI : OpenMPI 3.0.0
SIMD_Option:AVX_512
 1 4 8 0 1325.839 165.73 10.428
1 8 16 0 1511.06 94.441 18.299
1 16 32 0 1730.362 54.074 31.96
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUなし構成/2017-10]
Machine:HPC-ProServer DPeR640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB (12)16GB 2666 RDIMMs
Network : InfiniBand EDR
OS:Red Hat Enterprise Linux Server release 7.3
Gromacs:2016.4
Compiler :devtoolset-4, MPI : Intel MPI v2017
SIMD_Option:AVX_512
 1 8 32 0 2033.593 63.55 27.194
2 16 64 0 2383.647 37.244 46.401
4 32 128 0 3401.443 26.574 65.033
8 64 256 0 4492.564 17.549 98.477
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2017-10]
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2690 v4 2.60GHz 14C/28T
Mem:64GB((8)8GB), Network : InfiniBand FDR
OS:CentOS7.3
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA8.0 Driver: 381.22
Gromacs:2016.4
Compiler :devtoolset-4, MPI : OpenMPI:3.0.0
SIMD_Option:AVX2_256
 1 6 24 2 810.919 33.788 51.147
2 12 48 4 1621.443 33.78 51.16
4 24 96 8 2382.345 24.816 69.639
8 48 192 16 3787.483 19.726 87.607
16 96 384 32 6497.366 16.92 102.136
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUなし構成/2017-09]
Machine:HPC-ProServer DPeR640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB((12)16GB)
OS:Red Hat Enterprise Linux ComputeNode release 6.9
Compiler:Intel Parallel Studio XE 2018 Cluster Edition
devtoolset-4
MPI:Intel MPI v2018.0.128
Gromacs:2016.4
SIMD_Option:AVX_512
 1 1 2 0 1652.626 826.313 2.091
1 2 4 0 1729.831 432.458 3.996
1 4 8 0 1847.976 230.997 7.481
1 8 16 0 2122.576 132.661 13.027
1 16 32 0 2289.058 71.533 24.159
1 1 4 0 1709.529 427.382 4.044
1 2 8 0 1864.974 233.122 7.413
1 4 16 0 2077.692 129.856 13.308
1 8 32 0 2360.731 73.773 23.426
[GPUあり構成/2017-08]
Machine:HPC-ProServer DPrT7910
CPU:(2) Intel Xeon E5-2680v3 2.5GHz 12C/24T
Mem:64G((8)8GB)
GPU:(1) Radeon Vega Frontier Edition
Driver:17.20-445420(OpenCL 2.0 AMD-APP (2416.3))
Gromacs:2016.3, Compiler : gcc:5.4.0
MPI : OpenMPI:1.10.2
OS:Ubuntu 16.04.2 LTS , SIMD_Option:AVX2_256
 1 1 1 1 269.892 269.892 6.403
1 1 24 1 1031.65 42.985 40.204
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
　 　 　 　 　 　 　
[GPUあり構成/2017-07]
Machine:HPC-ProServer DPrT7910
CPU:(2) Intel Xeon E5-2680v3 2.5GHz 12C/24T
Mem:64G((8)8GB)
OS:CentOS7.3
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA8.0 Driver: 381.22
Gromacs:2016.3
MPI: OpenMPI:2.1.1
Compiler :devtoolset-4(gcc 5.3.1)
SIMD_Option:AVX2_256
 1 1 1 1 285.037 285.037 6.063
1 2 4 2 421.517 105.379 16.4
1 2 8 2 539.208 67.401 25.64
1 2 16 2 4762.945 297.684 5.805
1 4 8 2 537.286 67.161 25.732
1 4 16 2 716.805 44.8 38.575
1 6 24 2 912.349 38.015 45.461
1 8 16 2 796.225 49.764 34.727
[GPUなし構成/2017-07]
Machine:HPC-ProServer DPrT7910
CPU:(2) Intel Xeon E5-2680v3 2.5GHz 12C/24T
Mem:64G((8)8GB)
OS:CentOS7.3
Gromacs:2016.3
MPI : OpenMPI:2.1.1
Compiler :devtoolset-4(gcc 5.3.1)
SIMD_Option:AVX2_256
 1 1 1 0 1494.199 1494.199 1.157
1 2 2 0 1573.98 786.99 2.196
1 2 4 0 1682.819 420.705 4.108
1 2 8 0 1848.183 231.023 7.481
1 2 16 0 7819.342 488.709 3.536
1 4 8 0 1781.366 222.671 7.761
1 4 16 0 2033.039 127.065 13.601
1 6 24 0 2228.476 92.853 18.612
1 8 16 0 2025.357 126.585 13.652
[GPUあり構成/2017-06]
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2698v4 2.2GHz 20C/40T
Mem:1024T((16)64GB)
OS:CentOS6.9
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA8.0 Driver: 381.22
Gromacs:5.1.4
Compiler :devtoolset-3, MPI : OpenMPI:2.1.1
SIMD_Option:AVX2_256
 1 4 32 2 1334.93 42.351 40.806
1 8 8 2 error error error
1 8 16 2 872.987 54.641 31.628
1 8 32 2 1221.567 38.232 45.202
1 10 20 2 1066.245 53.39 32.369
1 10 40 2 1574.564 39.441 43.817
1 20 40 2 1506.762 37.857 45.65
[GPUなし構成/2017-06]
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2698v4 2.2GHz 20C/40T
Mem:1024T((16)64GB)
OS:CentOS6.9
Gromacs:5.1.4
Compiler :devtoolset-3, MPI : OpenMPI:2.1.1
SIMD_Option:AVX2_256
 1 4 32 0 2545.684 79.635 21.701
1 8 8 0 1754.183 219.495 7.873
1 8 16 0 2026.862 126.807 13.628
1 8 32 0 2546.572 79.662 21.694
1 10 20 0 2112.517 105.734 16.344
1 10 40 0 2615.156 66.146 26.127
1 20 40 0 2564.54 64.185 26.925