NAMD Benchmark

NAMD の公式ホームページで公開されているベンチマーク(http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/)にある stmv benchmark の実行結果です。ベンチマークの継続性を担保するために、過去から一貫して同じ入力ファイルを利用しているため、公式サイトに掲載されているパラメータと本ベンチマークとで、値に異なるケースがある可能性がありますので、予めご了承ください。

尚、ベンチマーク結果は、「s/step」、「days/ns」共に値が小さいほどパフォーマンスが高いことを示します。

stmv 
1,066,628 atoms, 12A cutoff + PME every 4 steps, periodic

実行パラメータ

specification nodes procs threads GPUs s/step days/ns
【GPUあり構成/2024-08】
Machine : HPC-ProServer DPeR7625
CPU:(2) AMD EPYC 9354 3.25G 32C/64T
Mem : 384GB (24) 16GB RDIMM, 4800MT/s
OS : RockyLinux8.10 , ROCm: 6.2.0
NAMD : 2.15a2-20211101 (Docker)
GPU : (1) AMD Instinct MI210
1 1 32 1 0.0247973 0.287006
1 1 64 1 0.0236146 0.273317
           
           
           
           
【GPUあり構成/2021-03】
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6248R CPU 2.40GHz 24C/48T
Mem:192GB((12) 16GB)
OS:CentOS 7.9
NAMD:NAMD_2.14_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) GeForce RTX 3090 CUDA11.2 Driver: 460.32.03
1 1 32 1 0.023666 0.273912
1 1 32 2 0.0186796 0.216199
1 1 48 1 0.022158 0.256459
1 1 48 2 0.0162644 0.188245
           
           
GPUあり構成/2019-12
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.5
NAMD:NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) GeForce RTX 2080 SUPER CUDA10.2 Driver: 440.33.01
1 1 24 2 0.0267392 0.3094823
           
           
           
           
           
GPUあり構成/2019-09
Machine:HPC-ProServer DPrT7920
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6242 CPU 2.80GHz 16C/32T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.6
NAMD:NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) GeForce RTX 2080Ti CUDA10.1 Driver: 418.87
1 1 32 2 0.0228353 0.264298
           
           
           
           
           
GPUあり構成/2018-12
Machine:HPC-ProServer DPeT640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.5
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(4) GeForce GTX 1080Ti CUDA10.0 Driver: 410.48
1 1 24 4 0.0307322 0.355696
           
           
           
           
           
【GPUなし構成/2018-11】
Machine:HPC-ProServer DPeR7425
CPU:(2) AMD EPYC 7601 2.2GHz/2.7GHz 32C/64T
Mem:1024GB (32) 32GB 2133 RDIMMs
OS:CentOS v7.5
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore
1 1 8 0 1.24871 14.4527
1 1 16 0 0.630714 7.29993
1 1 32 0 0.319656 3.69972
1 1 64 0 0.162602 1.88197
           
           
【GPUあり構成/2018-10】
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 CPU 2.60GHz 16C/32T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.4
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) GeForce RTX 2080 CUDA10.0 Driver: 410.48
1 1 32 2 0.029097 0.336771
           
           
           
           
           
GPUあり構成/2018-09
Machine:HPC-ProServer DPeR740
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6126 CPU 2.60GHz 12C/24T
Mem:96GB((12)8GB)
OS:CentOS 7.5
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) TITAN V CUDA9.2 Driver: 396.44
1 1 24 2 0.0319407 0.369684
           
           
           
           
           
GPUなし構成
Machine:HPC-ProServer DPeR640
CPU:(2) Intel Xeon Gold 6142 2.60GHz 16C/32T
Mem:192GB((12)16GB)
OS:Red Hat Enterprise Linux ComputeNode release 6.9
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore
1 1 32 0 0.307718 3.56155
           
           
           
           
           
GPUあり構成
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2690 v4 @ 2.60GHz 14C/28T
Mem:64GB((8)8GB)
OS:CentOS 7.4
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU: (2) GeForce 1080Ti CUDA 9.1 Driver:387.26
1 1 32 0 0.0367963 0.425883
           
           
           
           
           
GPUあり構成
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2698v4 2.2GHz 20C/40T
Mem:1024GB((16)64GB)
OS:CentOS 6.9
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA
GPU:(2) Geforce 1080Ti CUDA8.0 Driver: 381.2
1 1 40 0 0.039712 0.45963
           
           
           
           
           
GPUなし構成
Machine:HPC-ProServer DPeR730
CPU:(2) Intel Xeon E5-2698v4 2.2GHz 20C/40T
Mem:1024GB((16)64GB)
OS:CentOS 6.9
NAMD:NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore
1 1 40 0 0.234928 2.71907