LAMMPS は、材料モデリングに特化した古典的な分子動力学コードです。本サイトでは、ベンチマークテストとして、Lennard-Jones (LJ) liquid benchmarkを取り上げ、計算機システムの継続的な性能評価を行います。
Lennard-Jones liquid benchmark
- 32,000 atoms for 100 timesteps
- reduced density = 0.8442 (liquid)
- force cutoff = 2.5 sigma
- neighbor skin = 0.3 sigma
- neighbors/atom = 55 (within force cutoff)
- NVE time integration
本ベンチマークでは、x, y, z の各方向に対して、規模をスケールさせていくことで、計算する原子数を増やして性能を評価することができます。デフォルトは上述の通り32,000原子であり、スケールさせることのできる範囲はサーバーの主メモリまたはGPUメモリの量に依存します。
性能の指標である Performance tau/day は、値が大きいほど性能が高いことを示します。
実行結果
| Specificatioin | Atoms | node | proc | thread | GPU | Performance tau/day |
| [GPUあり構成/2023-02] Machine : HPC-ProServer DPrT7865 CPU:(1) AMD Ryzen Threadripper PRO 5995WX 256 MB cache, 64C/128T, 2.7GHz‐4.5GHz Mem : 256GB (8) 32GB DDR4 3200MHz OS : Ubuntu 22.04 5.15.0-58-generic GPU : (2) NVIDIA RTX A4000 16GB CUDA : 12,0, Driver : 525.85.12 NGC Docker:LAMMPS (patch_3Nov2022) ※GPUなしの実行のみ LAMMPS (29 Sep 2021 – Update 2) |
1,024,000 | 1 | 16 | 16 | 0 | 14,894 |
| 1,024,000 | 1 | 32 | 32 | 0 | 26,549 | |
| 1,024,000 | 1 | 64 | 64 | 0 | 38,579 | |
| 1,024,000 | 1 | 2 | 2 | 1 | 31,186 | |
| 1,024,000 | 1 | 2 | 2 | 2 | 57,507 | |
【2023/01, Xeon, GPUあり】 |
1,024,000 | 1 | 48 | 48 | 0 | 29,871 |
| 1,024,000 | 1 | 2 | 2 | 1 | 51,376 | |
| 1,024,000 | 1 | 2 | 2 | 2 | 89,607 | |
| 【2022/09, EPYC, GPUなし】 HPC-ProServer DPeR6525 CPU : (2) AMD EPYC 7543 2.8GHz 32C/64T Mem : Total 512GB (16) 32GB DDR4 3200MHz ECC OS : CentOS7 kernel 3.10.0-1160.71.1 Pre-built Linux executables : LAMMPS (7 Aug 2019) MPI : OpenMPI 4.1.4 |
1,024,000 | 1 | 64 | 64 | 0 | 49,489 |
| 1,048,576,000 | 1 | 64 | 64 | 0 | 47 | |
| 【2022/09, Xeon, GPUあり】 HPC-ProServer DPrR7920 CPU : (2) Intel Xeon Silver 4110 2.10GHz 8C/16T Mem : Total 256GB (8) 16GB DDR4 2933MHz ECC GPU : (2) NVIDIA RTX A4000 16GB OS : RockyLinux8.6 kernel 4.18.0-372.13.1 LAMMPS : lammps-stable_23Jun2022 Compiler : Intel oneAPI MPI : Intel MPI NVIDIA Driver : 515.65.01 , CUDA : 11.7 |
1,024,000 | 1 | 4 | 4 | 0 | 2,401 |
| 1,024,000 | 1 | 4 | 4 | 1 | 35,842 | |
| 1,024,000 | 1 | 4 | 4 | 2 | 42,390 |
