Relion Benchmark

電子顕微鏡用の画像処理ソフトウェアRELIONのベンチマークテストです。RELION公式ページのGetting Startedで紹介されているBenchmarks & computer hardwareからダウンロード可能なベンチマークデータ(Plasmodium ribosome)を使用します。平成30年10月現在、データの大きさは48GBです。

3D classification
コマンドラインは、Benchmarks & computer hardwareのページを参考にして、以下の通りとします。

> mpirun -np number_of_processrs relion_refine_mpi –i Particles/shiny_2sets.star –ref emd_2660.map:mrc –firstiter_cc –ini_high 60 –ctf –ctf_corrected_ref –iter 25 –tau2_fudge 4 –particle_diameter 360 –K 6 –flatten_solvent –zero_mask –oversampling 1 –healpix_order 2 –offset_range 5 –offset_step 2 –sym C1 –norm –scale –random_seed 0 –o class3d/ –j 4 –pool 100 –gpu –dont_combine_weights_via_disc

実行時間は、ジョブの実行から終了までのelapsed time(sec)とします。

実行結果