AMBERはカリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発されたモデリングおよび分子力学・動力学計算シミュレーションプログラムです。GPUに対応し、並列動作が可能です。弊社では、ライセンスの手配から、AMBERのビルド、ジョブ管理ソフトとの連携等、お客様がアプリケーションをお使いになる上で必要な様々な作業を御支援可能です。
本ページでは、The pmemd.cuda GPU Implementation (ambermd.org) で公開されているベンチマークデータについて、弊社での独自の検証作業を公開致します。計算機及び開発環境の選定の指標にしてください。結果データの単位はns/dayですので、値が大きいほど性能が高いことを意味します。
| Amber20 HPC-ProServer DPeR740XD CPU : (2) Xeon Gold 6126 12C/24T Mem : 96GB (12)8GB 2666 MHz OS : CentOS v7.5 2021-08-30 単位：ns/day |
Compiler | GNU | Intel | Intel | ||||
| Compiler Vers. | 4.8.5 | 2021.3.0 | 2021.3.0 | |||||
| MPI | N/A | OpenMPI | OpenMPI | Intel MPI | ||||
| MPI Vers. | N/A | 4.1.1 | 4.1.1 | 2021.3.0 | ||||
| MPI Procs | N/A | 1 | 24 | 1 | 24 | 1 | 24 | |
| GPU | RTX3090 |
N/A | ||||||
| JAC_production_NVE_4fs | PME (Standard) | 1031.48 | 3.2 | 56.1 | 4.56 | 75.14 | 4.57 | 74.73 |
| JAC_production_NPT_4fs | PME (Standard) | 989.09 | 3.09 | 54.88 | 4.47 | 74.62 | 4.51 | 74.17 |
| Cellulose_production_NVE_4fs | PME (Standard) | 100.85 | 0.15 | 2.52 | 0.19 | 2.48 | 0.19 | 2.75 |
| Cellulose_production_NPT_4fs | PME (Standard) | 94.9 | 0.14 | 2.61 | 0.19 | 2.25 | 0.19 | 2.43 |
| FactorIX_production_NVE_4fs | PME (Standard) | 413.13 | 0.72 | 13.17 | 0.93 | 17.67 | 0.93 | 17.07 |
| FactorIX_production_NPT_4fs | PME (Standard) | 378.36 | 0.71 | 13 | 0.92 | 17.35 | 0.93 | 16.73 |
| STMV_production_NVE_4fs | PME (Standard) | 36.61 | 0.06 | 0.97 | 0.07 | 1.21 | 0.07 | 1.14 |
| STMV_production_NPT_4fs | PME (Standard) | 33.67 | 0.06 | 0.95 | 0.07 | 1.13 | 0.07 | 1.16 |
| JAC_production_NVE_4fs | PME (Optimized) | 1169.96 | ||||||
| JAC_production_NPT_4fs | PME (Optimized) | 1119.13 | ||||||
| Cellulose_production_NVE_4fs | PME (Optimized) | 107.6 | ||||||
| Cellulose_production_NPT_4fs | PME (Optimized) | 100.56 | ||||||
| FactorIX_production_NVE_4fs | PME (Optimized) | 454.88 | ||||||
| FactorIX_production_NPT_4fs | PME (Optimized) | 422.87 | ||||||
| STMV_production_NVE_4fs | PME (Optimized) | 39.55 | ||||||
| STMV_production_NPT_4fs | PME (Optimized) | 36.26 | ||||||
| JAC_production_NVE_4fs | PME (x1, Std. ) | 1029.87 | ||||||
| JAC_production_NPT_4fs | PME (x1, Std. ) | 989.19 | ||||||
| Cellulose_production_NVE_4fs | PME (x1, Std. ) | 100.88 | ||||||
| Cellulose_production_NPT_4fs | PME (x1, Std. ) | 94.23 | ||||||
| FactorIX_production_NVE_4fs | PME (x1, Std. ) | 411.69 | ||||||
| FactorIX_production_NPT_4fs | PME (x1, Std. ) | 380.17 | ||||||
| STMV_production_NVE_4fs | PME (x1, Std. ) | 36.64 | ||||||
| STMV_production_NPT_4fs | PME (x1, Std. ) | 33.36 | ||||||
| JAC_production_NVE_4fs | PME (x1, Opt. ) | 1162.91 | ||||||
| JAC_production_NPT_4fs | PME (x1, Opt. ) | 1118.12 | ||||||
| Cellulose_production_NVE_4fs | PME (x1, Opt. ) | 107.57 | ||||||
| Cellulose_production_NPT_4fs | PME (x1, Opt. ) | 100.94 | ||||||
| FactorIX_production_NVE_4fs | PME (x1, Opt. ) | 455.67 | ||||||
| FactorIX_production_NPT_4fs | PME (x1, Opt. ) | 422.48 | ||||||
| STMV_production_NVE_4fs | PME (x1, Opt. ) | 39.61 | ||||||
| STMV_production_NPT_4fs | PME (x1, Opt. ) | 36.21 | ||||||
| TRPCage | GB | 2433.32 | 75.47 | 1118.19 | 91.15 | 848.12 | 91.44 | 919.35 |
| myoglobin | GB | 1377.63 | 1.58 | 34.44 | 2.16 | 47.98 | 2.14 | 49.03 |
| nucleosome | GB | 40.71 | 0.02 | 0.37 | 0.03 | 0.68 | 0.03 | 0.68 |
| TRPCage | GB (x1) | 2466.28 | ||||||
| myoglobin | GB (x1) | 1377.24 | ||||||
| nucleosome | GB (x1) | 40.68 | ||||||